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アレックス・ライダーは育ての親である叔父イアンが交通事故で亡くなったと聞かされる。しかし、アレックスはその死の真相に疑いを持ち、彼の死の理由を探る過程で、叔父がイギリス政府のスパイだったと知ることに。そこに、叔父の上司であるアラン・ブラントが突然現れ、アレックスはスパイに・・・
叔父がイギリス政府のスパイだったことを知り動揺していたアレックスが、謎の武装したグループに誘拐され尋問を受ける。アレックスは、無意識に身につけていた技術を使って形勢を逆転させる。
御曹司になり切るため、大金持ちの世界に飛び込むアレックス。しかし任務を秘密にしておく必要があるため、親友トムを遠ざけてしまう。
ポイントブランクでの潜入捜査が始まり、無防備さを痛感するアレックス。ジョーンズたちは内部のスパイを突き止め捕らえようとするが、殺し屋ヤッセンに先を越される。
ポイントブランクの生徒たちがグライフ博士によって劇的に変化することを知り恐怖を覚えたアレックスは、カイラやジェームズと協力して学校を抜け出す計画を立てる。ブラントはパーカー・ロスコーのもとを訪れて探りを入れる。
イアン・ライダーの死に関する陰謀に巻き込まれるトム。アレックスとカイラは、グライフ博士の極秘計画の証拠を突き止める。
アレックスは友人たちを救出しグライフの計画を阻止するため、案内役として特殊部隊のチームと共にポイントブランクに突入する。
ブラントたちはイアンの死の真相をついに解明。かつて活動していたテロ組織の復活を突き止める。アレックスは、大事な人たちを守るため自分のコピーと対決する。