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ジェーンの弟ロマンが亡くなってから3カ月後。ジェーンは失神して目覚めたあと2年半の記憶を失い、テロリストのレミーに戻って密かにFBIチームへの復讐を目論んでいる。重傷を負ったカートは意識を取り戻して退院し、リハビリに励んでいた。また、姿を消したザパタは、ロマンを殺したHCIグローバルのブレイクと行動をともにする。ジェーンらFBIのチームは、ロマンが残したデータの回収のため、東京・新宿に保管されたデータを手に入れようとするのだったが・・・。