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次の放送日時: 10月3日 (火) 8:00～
インディアン・ヒルの事件後、実験台にされていた被験者たちは、ゴッサムを徘徊する逃亡者となっていた。彼らを追うのは警察と賞金稼ぎ。ゴードンは賞金稼ぎの１人だった。ゴッサム市警にはバーンズ警部が復帰し、ウェイン産業を辞めたルーシャスが科学部門の専門家として働いていた。
誘拐されたブルースは、薄暗い部屋に連れてこられる。マスクを外されると目の前には仮面をつけた女性がいて、自分はブルースが話したい組織の代表キャサリンだと名乗る。ブルースは、自分にも大切な人たちにも危害を加えないことを条件に、ウェイン産業を差し出すと約束する。
クラブ・セイレーンでは、ジャービス・テッチが客に催眠術をかけ、動物だと思い込ませるショーを披露していた。次にテッチは、医師の男に催眠術をかけ、椅子の背もたれに立たせる。ショーの最後、テッチは催眠術を解く前に、ある合図とともにかかる別の催眠術を、密かにかけておく。
ゴッサム市警では、ブロックがアリスを尋問していた。アリスを連れてきたゴードンに対し、バーンズは「兄に近付いたら逮捕する」と警告する。セリーナはブルースだと思っている５１４Ａと共に、市長選の賭けで賑わう賭博場でひと稼ぎしようとする。
市長となったオズワルドは、敬愛する母親の像を作り、その前で「安全な街にする」と宣言する。そこへ赤いマスクをかぶったレッドフード・ギャングが現れ銃を乱射、像を破壊してしまう。激怒したオズワルドは悪党時代の仲間を集め、レッドフード・ギャングを探すよう命じる。
ジャービス・テッチは結婚式を終えた新郎新婦を拉致し、白いスーツ、白い髪の男をゴードンがいるカフェに差し向け、メッセージを伝えさせる。ゴードンがその男についていくと、公衆電話が鳴る。
ジャービスに撃たれたベールは一命を取りとめる。ベールは、ゴードンがリーを殺すよう言ったのは、ジャービスが反対の行動をすると判断したうえであり、ゴードンは今もリーを愛しているのだと悟り、別れを告げる。一方、イザベラとニグマは、時間も忘れて朝まで話し込んでいた。
バーンズは、通りで挙動不審な男ポーリーを見かけ、後をつける。彼は、倉庫で遺体を処理していた。怒りに震えたバーンズは、依頼した男の名前を聞きだした後、制裁を加える。一方ゴードンは、ゴッサム市警に復帰したその足でブロックと殺人事件の現場へ向かう。
サイモンが、自分を襲った人物がバーンズだと言い残したことを、ゴードンはブロックに話す。どうしても信じられないブロックは「無実を証明するために協力する」と答える。その頃バーンズは、倉庫の中で３人の男に対し、自分の思う正義の刑を執行していた。
レストランで食事をしたトンプキンス、マリオ、ファルコン。車を回そうとしてウェイターがエンジンをかけた途端、爆弾が爆発する。現場に来たゴードンは、犯人を探すと約束する。一方バーバラは、オズワルドにブッチとタビサの行方を聞くが、追い返される。
アリス・テッチの血液に感染したと思われるマリオは、バイオラボの科学者を襲いキーカードを奪ってラボに侵入する。ゴードンは、惨殺された科学者がラボ勤務だと知り、ラボに急行。しかし、後ろからマリオに襲われ意識を失ってしまう。
セリーナは、17年ぶりにゴッサムに戻ったマリアを受け入れられずにいた。だがマリアは、セリーナが子どもの頃の物を今でも大切に持ち続けていた。一方ゴッサム市警には、線路内で倒れた女性の死体が持ち込まれる。その女性は、発見される2日前に遺体安置所に運び込まれていた…。
インディアン・ヒルに保管されていた極低温ポッドは、倉庫で厳重に保管されていた。そこにドワイト率いるカルト集団が押し入り、ジェロームの遺体を盗み出す。ドワイトは、ジェロームに電流を流して生き返らせようとするが失敗。ジェロームの顔の皮を剥がし自分の顔につけ、演説をする。
発電所の爆発で停電になったゴッサム。市警本部には、ジェロームの支持者たちが押し寄せ、街では暴動や略奪が横行していた。ゴードンは、ジェロームがブルースの命を狙っていたと知り、ウェイン邸へ急ぐ。ウェイン邸には仲間を3人連れたジェロームが押し入り、ブルースを殺そうとしていた・・・
ゴッサム大学にニグマが現れ、なぞなぞに答えられなかった教授を殺害する。ニグマは、薬の力でオズワルドの幻覚を見て、オズワルドと会話していた。そしてオズワルドに代わる人生の師を探すため、学者やアーティストになぞなぞを出し、答えられない人々を殺していたのだ。
ブルースは寺院の監房で目を覚ます。そこへシャーマンが現れ、ブルースが消えて騒ぎにならないようクローンを送りこんだと話す。ゴードンは父親の事故を再捜査し、酔っ払い運転のドライバーが慢性遷延性肝炎だったと知る。
オズワルドとアイビーは、軍団を作るべく、雪山に行きミスター・フリーズことフライスをスカウトする。さらに、鋳造工場ではファイヤーフライことブリジットを仲間に引き入れる。梟の法廷に連れてこられたゴードンは、キャサリンに忠誠心を証明するよう言われた後、ゴッサム市警に戻ってくる。
アーカム・アサイラムから移送されようとしていたバーンズは、暴れて職員たちを倒すが、現れたタロンに注射され、意識を失う。あるラボで目を覚ますと、目の前にはキャサリンがいた…。一方、行方不明のセリーナを探すアイビーは、タビサから情報を聞き、総合病院に行く。
梟（ふくろう）の法廷に囚われたオズワルドとニグマは、法廷の牢屋で再会する。ニグマは看守を買収、オズワルドに毒を塗った吹き矢を放ち、その間にピッキングで扉を開け逃げようと画策する。一方セリーナは、５１４Ａを殺そうとウェイン邸に忍び込み、５１４Ａと格闘になる。
ブルースとシャーマンは、秘密の施設で行われている梟（ふくろう）の法廷の評議会に出席する。ブルースは、両親の仇を取るため、手下に殺害を命じろと言われるが、何も言えない。一方、トンプキンスが帰宅したとの報告が入り、ゴードンはトンプキンスの家に急ぐ。
ウイルス拡散装置が起動し、ゴッサムに感染者があふれていた。銀行でも通りでも市警本部でも、凶暴になった感染者が暴れ、街には火の手があがっている。感染したゴードンはまだウイルスに支配されていないため、銃をブロックに預け、捜査に参加していた。
アルフレッドを刺したブルースは、その衝撃で洗脳がとけ、後継者にはならないとラーズに宣言。ラーズは泉の水を使うよう言い残して立ち去る。ブルースが泉の水を傷口にかけると、アルフレッドは息を吹き返すが、意識不明のまま病院に運ばれる。
