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NYに住む青年エリオット。昼間はサイバーセキュリティ会社オールセーフのエンジニアとして働く一方、夜は天才的なハッキング技術を用いて、他人の個人情報を盗み見たり、人知れずネット犯罪の摘発を行っていた。
タイレルからE・コープで働くよう誘われたエリオットは申し出を断るが、策略にハマったことに気づき薬物の摂取量が増えていく。そんな折、薬物の売人ベラが、シェイラに手を出したことでエリオットは憤慨する。そして、遂にミスター・ロボットからE・コープを倒す計画の全貌が明かされる。
最高技術責任者の座に新たな候補が登場したことで、立場が苦しくなるタイレル。焦る彼は起死回生のため情報収集に動く。一方、ミスター・ロボットにケガを負わされたエリオットは、f・ソサエティを抜けて普通の生活を送ることを誓い、つかの間の平和な時間を過ごす。
f・ソサエティの男性陣は、E・コープのデータ保管地スティール・マウンテンの爆破計画を空調システムのハッキングによるデータ破壊計画に変更し現地へ出発。ところが、エリオットがモルヒネの禁断症状を起こし足止めを食ってしまう。
匿名通報により殺人罪で刑務所に収容されているベラは、密告者がエリオットであると突き止め、彼への復讐を誓う。そんな中、エリオットはf・ソサエティの仲間たちと、難攻不落のスティール・マウンテンへの侵入を開始。しかし、そこに待ち受けていたのは意外な人物であった。
エリオットの匿名通報によって服役中のベラがシェイラを人質に取り、ハッキングで自分を脱獄させるよう脅迫。エリオットは厳重な刑務所のセキュリティを突破すべく試行錯誤することになる。
有毒廃棄物問題について調べていたアンジェラは、隠ぺいの真相を知るべくコルビーと一対一の面談に挑む。その頃、E・コープではスコットの最高技術責任者就任が正式に決定。焦ったタイレルはスコットの妻シャロンを再度誘惑しようとするが…。
作戦再開に向け動き出したエリオット。5ヵ所に増えたスティール・マウンテンに狙いを定め、自ら温めていた作戦で勝負に出る。しかしそんな折、オールセーフがハッキング被害に遭うと、エリオットの前にダーク・アーミーのボス、ホワイトローズが現れる。
ミスター・ロボットが自分の父親であることを思い出したエリオット。彼は父と共に、故郷であるニュージャージーへの旅を始める。そんな彼を心配するダーリーンもまた、あとを追って故郷へ向かう。
タイレルと会っていたはずのエリオットは、その後の記憶がないまま目を覚ます。すると世界は一変していた。f・ソサエティが計画してきた革命は見事に成功したのだ。