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シーズン2のエンディングに引き続き、ボブ・リーは世界有数の暗殺者であるソロトフに捕らわれている。そんな中、ボブ・リーの父親に関する驚きの事実が浮上する。
1988年に父親が殺された事件の真相を探るべく、ボブ・リーは地元の刑務所を訪れる。一方ネイディーンとアイザックはネイディーンの別れた恋人であるハリス・ダウニーに接触する。ハリス自身が思っているよりもずっと、彼は内部情報に詳しいからだ。
アールの殺人に関する手掛かりを追ったボブ・リーは、地元の食肉処理場にたどり着く。一方、アトラスの壊滅をもくろむネイディーンとアイザックは、アトラスの元エージェントの協力を得ることになるが、不安要素も残っていた。
新たに入手した情報を武器に、ボブ・リーは父親を殺した真犯人らを追う。任務に没頭する夫に不安を覚えながらも、ジュリーは独自に手掛かりを探っていく。
父親がベトナム戦争中に働いた悪事のさらなる情報を集めるため、ボブ・リーは父親の旧友に会いに行く。その後、仲間と共にワシントンDCで開かれるイベントへと乗り込む。
父親が所属していた極秘ベトナム部隊の元メンバーに追い詰められるボブ・リーとアイザック。ジュリーもバマ家に立ち向かう。一方ネイディーンは、あるハイテク・セキュリティー施設への侵入に成功する。
父親の死の真相に迫るボブ・リーとアイザックは、米国国防総省の元“暗黒卿”を追いつめる。同じ頃ネイディーンは、司法省のある職員の命令によって危険な任務に派遣される。
サム・ヴィンセントの殺害未遂事件をきっかけに、ボブ・リーとジュリーは父親が保管していた情報にたどり着く。一方ネイディーン、アイザック、ハリス、カーリータは、アトラスのトップの一人に襲い掛かる。
レッド・バマの息子を追い続けるボブ・リーだったが、ジュリーとの溝は深まるばかり。アイザックとネイディーンは大統領首席顧問との面会の約束をとりつけるが、カーリータの裏切りに遭う。
カーリータと消えたキーカードを追うボブ・リーとアイザック。やがてアトラスの秘密の訓練施設にたどり着き、過去と対峙することになる。ジュリーは被害妄想を募らせていく。
父親の死に関する新事実にショックを受けるボブ・リー。ハリスの協力を得て復讐を試みることで、2人の身に危険が及ぶことに。そしてアトラスによる最終計画が実行に移されてしまう。
正義を貫き通したい気持ちと、家族をつなぎとめたい気持ちの間で揺れるボブ・リー。そんな中、アトラスは新たな作戦を実行に移す。
ワシントンDCでの爆破事件後、ボブ・リーはアトラスにトドメを刺すべく奔走する。同時に夫婦関係を修復し、いまだ残る過去のトラウマに決着をつけようとする。