第12話「狙われた生物兵器」/ Dark Cover かつての共犯者であるトマスに会ったスティーブン。悪性の天然痘ウィルスを散布するという謀略を阻止するため、スティーブンは悪人に再び戻り、潜入捜査を行うことに。 しかし、事態は複雑化し、ウィルスがどこかへ消えてしまう。そのありかを探すため、サマンサとホイトはスティーブンを残してフランスとスペインへ向かう。